制药工程专业是涉及药学、化学、生物学、化学工程学和管理学等多门学科的新兴专业，本专业于2018年9月开始招生，年招生人数逐步稳定在60人。本专业毕业生通过学习化学、化工、药学、工程学等学科的基础理论知识，掌握药品研发、工程设计、技术实施、生产运行和管理的理论和方法，成长为能在制药及其相关领域从事工艺与工程设计、技术与产品研发、质量管理与分析测试、生产与经营管理等工作，具有较强创新精神和创业能力的高素质工程技术人才。毕业后可到制药（或医药生物技术）相关领域的生产企业、研发企业科研院所、营销企业、药品监督管理部门等企、事业单位从事药品研发、生产、管理、营销、检验监督等工作。也适于报考药学、化学、化工等相关专业研究生。

现有专任教师22人，其中教授4人、副教授6人、讲师12人，具有博士学位的教师21人，国际欧亚科学院院士1人，海外高层次引进人才2人，国家级人才1人，省部级人才8人。专业现有福建省高等学校科技创新团队（产业化专项）和校级科研团队各1个。近年来，本专业教师获省部级以上科研项目36项，横纵向课题经费660多万，发表SCI论文80余篇，获授权发明专利32项。在应用型人才培养方面，本专业教师已取得教育部产学协同育人项目4项，省级教改3项，校级教改项目5项，发表教学改革研究论文5篇，出版教材专著2部。

依托本专业建有中科协生物医药领域多边国际交流合作平台、福建省智能药物闽台港澳科技合作基地、福州市海洋药物研发行业技术创新中心、福州市药物制剂与检测行业技术创新中心、7003全讯论坛海外专家工作站、7003全讯论坛药物制剂研究与测试中心等各级科研平台6个，还建有制药工程专业实验室、药物制剂实训车间、药物分析实验室等基础教学平台，为学生提供课程教学和课外创新创业实践活动平台，有力保障应用型人才培养。

2023年2月，依托学院建设的7003全讯论坛药物制剂研究与测试中心通过中国合格评定国家认可委员会（CNAS）评审，获得CNAS实验室认可证书。这标志着该中心具备了国家认可、国际互认的硬件条件、管理水平以及检测能力，成为福建省首个获得CNAS实验室认可资质的高校实验室，将有效提升我校制药工程人才培养能力以及对区域经济的服务能力。

本专业签约实习基地有上海皓元医药股份有限公司、福建海西新药创制有限公司、丽珠集团福州福兴医药有限公司、中谱科技(福州)有限公司等，逐步形成由专业实验室锻炼基础技能、学科专业平台培养创新创业能力、企业实践锻炼实现知识转化的应用型人才培养体系。